A quinze ans, Jan Muës est médaillé du gouvernement en trompette à l'académie de Diest. En 1977, il décroche son diplôme de peinture à l'Académie des Beaux-Arts d'Anvers.

Au départ, Jan a son propre orchestre de jazz et travaille notamment avec Jan Leyers. Il met sur pied son propre septet avec lequel il est primé lors du concours international de jazz à Hoeilaart. Le « Jan Muës Septet » (qui devient par la suite le « Musetrap ») enregistre quelques années plus tard Mystic Smile, un CD qui va connaître un beau succès.

A partir de 1987, Jan est présent sur les podiums internationaux de jazz : AUDI Jazz, Jazz Middelheim, Brosella Folk & Jazz, 'De Brakke Grond' à Amsterdam, 'De Doelen' à Rotterdam, Christal Jazz night, Milano Jazz Festival, Cambridge Festival, Madrid SAP meeting, Jazz in't Park…

Il participe à diverses émissions de radio et de télévision de la VRT, parmi lesquelles Fred Brouwers' Lange Mars, Passage, Jazzcafé, Week de Radio 3, Eenhoorn, So What et De Zevende Dag.

En 1992, le « Jan Muës Quartet » devient l'ambassadeur culturel chargé de représenter la ville d'Anvers à l'expo universelle de Séville. Jan fait également partie, en tant que trompettiste freelance, du big band de la BRT de l'époque et écrit des arrangements pour cette formation. Des années durant, il sera le soliste permanent de François Glorieux. Il devient professeur à l'académie de jazz d'Overijse et anime des 'cliniques' et des ateliers à Dworp et Bruges, ainsi qu'au conservatoire de Bruxelles.

En 1997, il reçoit le prix quinquennal de la SABAM pour sa contribution à la musique belge. Son titre « Cross the Channel » devient un hit sur Radio 1. En 2004, Jan entame, à l'invitation de KLARA, le projet « Tribute To Baker ». Il est l'un des rares musiciens à pouvoir exécuter parfaitement, sur les plans instrumental et vocal, la musique de Chet Baker. Si son exécution se caractérise par un juste degré d'émotion et une perfection technique remarquable, la touche « Jan Muës » est néanmoins reconnaissable. Le succès de ce projet donne naissance au projet Cool Cargo.

Jusque juillet 2005, Jan a collaboré avec « The Rhythm Junks », groupe constitué autour de Steven De Bruyn, et collabore aux enregistrements du CD « Virus 23 ». Il décide de s'impliquer pleinement dans le projet "Cool Cargo" et les enregistrements en studio!

Enfin, Jan est un peintre de talent. En 1997 paraît une publication dans laquelle sont reprises ses peintures : « De Koning te rijk ». Marc Van Den Hoof écrit un poème adapté à chacune de ses toiles (édition P). Jan est également acteur / régisseur de son projet "Spionaise" destiné au théâtre et au grand écran. Enfin, il réalise des courts métrages.